Efsaneye göre Apollon'un oğlu olan Karya Kralı Miletos'un biri erkek biri kız olmak üzere ikiz çocukları dünyaya gelir. Erkek olana Kaunos, kız olana Byblis adi verilir. İkizler birbirini çok sever. Byblis'in erkek kardeşine olan sevgisi o kadar büyüktür ki, onu biran görmese huzuru kaçar. Byblis'in bu sevgisi artik kardeş sevgisini asmaya başlamıştır. Bir gün Byblis dayanamaz, kardeşine bir mektup yazar ve sevgisini açıklar. Bu durumu öğrenen Kaunos çok üzülür ve utanç duyar, en çıkar yolun kenti terk etmek olduğuna karar verir ve yandaşlarından bir grup ile beraber, bugün kalıntılarını gördüğümüz Kaunos kentinin bulunduğu yere gelir. Ve burada bir kent kurarak kente kendi adini verir. Byblis ise bir daha ikiz kardeşini görememenin üzüntüsü ile çılgına döner, onu aramak için dağlara doğru koşar, gözyaşları sel gibidir. Kardeşini bulamayacağını anlayan Byblis, hayatına son vermek ister ve yüksek bir kayanın üzerinden kendini atar. Nympeler (Su Kaynağı Tanrıçaları) ona acır ve Byblis'i bir pınara dönüştürürler. Efsane bu ya, derler ki, Calbis Nehri ( Dalaman Çayı ) Byblis'in gözyaşlarından oluşmaktadır.
Kaunos antik kentinin kurulusu M.Ö. 10.yy kadar dayanmaktadır. Kentte Profesör Cengiz Işık başkanlığında arkeolojik kazılar devam etmekte. Araştırmalar sonucunda Kaunos'ta Klasik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait kalıntılar bulunmuş.
Antik çağda önemli bir liman konumunda olan şehir, Dalyan Deltasının oluşması nedeniyle bugün deniz kıyısından uzaklaşmıştır. Antik çağın önemli coğrafyacısı Strabon (Skylaks) "Kaunos kıyıdadır ve Calbis yanında akar." demiştir. Kaunos coğrafi durumu göz önüne alındığında Karye'nin güney kıyısında Rodos'un karsısındadır. Çevresi, kuzeyde Menderes ovasına açılan dağlarla, bati yönde ise denize bakan Kaya mezarları ve vadileriyle Karye'nin öteki kısımlarından ayrılmış, yüzünü doğuya ve güneydeki Likya'ya çevirmiştir.

Kaunos'un Karya-Likya sınırında kurulduğu söyleniyor. Antik Kaunos Kenti, denizden 152 m. yükseklikte Akropol is ile onun güneybatısındaki, yüksekliği yaklaşık 50 m. olan Küçük Kale ve bu iki tepenin kuzeybatı eteklerinin oluşturduğu denize bir dil gibi uzanan yarim ada üzerine kurulmuştur. Arkaik ve Erken Klasik Çağlarda Kaunos, Akropol is ve Küçük Kale'nin sırtlarında geçen surlar ile şehrin ortasında, Agora'daki Vespasian Çeşmesi'nin 30 m. güneydoğusunda açığa çıkartılan sur duvarlarının arasındaki çanak içinde bulunuyordu. Şehrin iskan bölgesinin henüz yeterince kazılmış olmaması, şehir planı hakkında yeterli bilgiyi vermiyor. Ancak Hekatomnidler Dönemi'nde genişletilen şehrin bir teraslar şehri olduğu açıktır. Takip eden dönemlerde, önceki teraslar onarılarak kullanılmaya devam ederken, yeni ve büyük teraslarda inşa edilmiş.

"...Iyonya'ya baş eğdiren Harpagos, Karyalilar, Kaunos'lular ve Likyalılar üzerine yürüdü.." der Herodot. Geçmişi M.Ö 10.yy kadar uzanan Kaunos kenti ilk kez Herodot'un tarih kitabında görülür. Kaunos Perslerin Güneydoğu Anadolu'yu ilk istilası sonrası Pers idaresine girmiştir. Persler iç islerine karışmamışlar ve fazla vergi almamışlar. Buda kentin çabuk kalkınmasına neden olmuştur.

M.Ö. 387 yılında Hellenler ile imzalanan Kral Barısından sonra Kaonus, kendilerini Pers Satraplari olarak tanımlayan yerel bir sülalenin, Hekatomindler Sülalesinin yönetimi altına girmiştir. Asya' nın Büyük İskender tarafından istila edilmesi ile Persler'in bölgedeki yönetimi sona ermiştir. Büyük Isken derin M.Ö. 323 yılında ölmesi üzerine yeni Satraplik dağılımında Karya'nin Asandors'a verilmesi üzerine Kaunos, Rodoslular ile birlikte hareket etmiş ve Anadolu kıyısında ki ve kıyıya yakin şehirlerini içine alan Rodos Periasi'na dahil olmuştur. Kent, M.Ö. 3 yy'da sürekli olmasa da Ptolemaioslar'in yönetiminde kalmıştır. Ptolemaioslar'in bu hakimiyeti M.Ö 288-287 yılına tarihlenen Lmyra'da bulunmuş bir karar yazıtı ile teyit edilmektedir. Kaunos'un Rodos'a karsı M.Ö. 167 yılında ki isyanı sonrası kent, Roma Senatosu kararı ile Rodos hegemonyasından kurtulmuş, bağımsızlığını kazanmıştır. M.Ö. 88 yılında ki Mithridates savasından sonra Romalılar Kaunos'u Rodos'un idaresinde bırakmışlardır. Çok geçmeden ( M.Ö. 84-81 ) Rodos'un idaresinden kurtulmuş olan kent, artik Roma'nın Asya eyaletine bağlı şehirlerinden biri olmuştur. Kentin Hıristiyanlık çağında uzun ve önemli bir tarihi geçmişi vardır. Genç Antik dönemden başlayarak Orta Çağın içlerine kadar Doğu Roma ve Likya kilisesi eyaletine bağlı kalmıştır. Kent iki Bisof ( Hıristiyan aleminin en yüksek rütbeli din adamı ) ile temsil ediliyordu. Bu dönemle birlikte kent artik iki isimle anılmaktadır. Kaunos-Hagia.